Huikean synkkä kuvaus v. 2035 tulevaisuuden elämästä, jossa ihmiskunta on pakotettu elämään maan alle kuin rotat. Eläimet sen sijaan temmeltävät maassa, merellä ja ilmassa ja ihmisistä pahimpia lähetetään maan päälle suojapukuineen keräämään näytteitä pinnalta.
Näitä tulevaisuuden kuvauksiahan riittää ja visioita siitä kuinka ihmiskunta on tuhottu. Tämä pläjäys ei tyydy normaaliin ydintuho-malliin vaan mystinen 12 apinan armeija on levittänyt -97 tappavan viruksen, joka on tuhonnut 99% ihmiskunnasta, jättäen eläimet rauhaan.
Bruce Willisin esittämä James Cole lähetetään etsimään puhdasta virusta vuoteen -97. Sen löytyessä vuoden 2035 ihmiset voisivat kehittää vastalääkkeen ja palata maan pinnalle asustelemaan. Tämä ei siis ole pelkkä tulevaisuudessa hörhöily vaan ajassa liikutaan myös. Bratt Pitt näyttelee nykiväpäistä hullua Jeffrey Goinesia, jolla on oma osansa historian tapahtumissa. Madeleine Stowe nähdään tässä psykiatri Kathryn Raillyna, joka roikkuu James Colen kimpassa kidnapattuna. Jamesin tehtävänä on todistaa sekä Kathrynille että katsojalle hänen missionsa oikeellisuus ja että hän on todellakin tulevaisuudesta. Kathryn sekoittaa tyypillisenä naisena miehen pään ja saa Jamesin puheillaan epäilemään omaa mielenterveyttään, mutta kuka onkaan lopulta hullu.
Vaikka leffan nimi on 12 apinaa niin muuten mistään tusinapläjäyksestä ei ole kysymys. Terry Gilliam maalailee erittäinkin synkkää ja hiukan taiteellistakin meininkiä tulevaisuuden hilavitkuttimineen sekä tiedemiehineen. Äijä on pyörinyt ohjaajana, käsikirjoittajana ja näyttelijänä Monty Pythonin poppoossa. Tämä leffa paljastaa, että hepulla on visioita ja ideoita vaikka muille jakaa. Juttu toimii oikeastaan joka akselilla. Aikamatkustelu saa aina pohtimaan ja leffan lopun tietynlainen silmukkaratkaisu mietityttää kovasti.
