Nokkela ja hyväsydäminen Kubo elättää itsensä kertoilemalla tarinoita pienen rannikkokaupunkinsa asukkaille, muun muassa ystävilleen Hosatolle, Akihirolle ja Kameyolle. Kubon hiljaiselo saa äkillisen lopun, kun hän tulee kutsuneeksi menneisyydestä hengen, joka laskeutuu taivaista langettamaan muinaista kostoa.
Kubon on pelastettava perheensä ja ratkaistava kaatuneen samurai-isänsä arvoitus. Hän kohtaa pakomatkallaan kaksi uutta ystävää, Apinan ja Kuoriaisen. Maagisen shamisen-soittimensa avulla hänen on päihitettävä jumalia ja hirviöitä, joiden joukossa ovat kostonhimoinen kuningas ja pahat kaksossisarukset. Onnistuuko Kubo selvittämään verenperintönsä salaisuudet, yhdistämään perheensä ja täyttämään sankarin kohtalonsa?