Soppalinnan Salaseura kertoo 10-vuotiaasta fiksusta ja urheasta Marista, joka asuu Soppalinnassa. Marin vanhemmat ovat niin omistautuneita työlleen, että hän viettää suurimman osan ajastaan professori-isoisänsä kanssa. Mari perustaa salaseuran kolmen parhaan kaverinsa kanssa ja he ratkovat isoisän keksimiä aarteenetsintäarvoituksia.
Eräänä päivänä Soppalinnaan leviää salaperäinen myrkky, joka muuttaa aikuiset lapsiksi. Soppalinnan salaseura kohtaa seikkailun, jollaista he eivät voineet edes kuvitella. Salaseura yrittää löytää vasta-aineen myrkylle, mutta se ei ole helppoa. Matka vasta-aineen luokse on vaikeuksia täynnä. Salaseuran täytyy ratkaista arvoitus, paeta kiusaajia ja piiloutua uhkaavalta naamiopahikselta.
Löytävätkö Soppalinnan salaseuran lapset vasta-aineen ajoissa? Ja pystyvätkö he pelastamaan Soppalinnan aikuiset toimittamalla vasta-aineen sairaalaan 48 tunnin sisällä?